Recherche

La programmation de recherche de la Chaire s’articule autour de deux grandes axes: l’épistémologie des origines de la vie et les approches computationnelles d’analyse textuelle en philosophie. À ces deux grands axes se rajoutent plusieurs autres intérêts de recherche et projets de réalisés jusqu’ici, notamment sur la notion d’explication scientifique, le pluralisme scientifique, notamment en biologie du comportement, ou encore la notion de biodiversité en écologie fonctionnelle.

Axe 1. Épistémologie des origines de la vie

En mobilisant les méthodologies de l’histoire et de la philosophie des sciences, cet axe de recherche vise à apporter un nouvel éclairage sur les tout premiers mécanismes évolutionnaires au centre d’un des problèmes scientifiques les plus fascinants : celui des origines de la vie. L’évolution chimique est conçue comme un ensemble de processus évolutifs susceptibles d’expliquer, dans un cadre naturaliste, la transition de l’inerte au vivant. Pour certains, cette évolution chimique est la simple transposition de l’évolution biologique darwinienne—l’évolution par sélection naturelle—au monde chimique précédant le vivant. Pour d’autres, l’évolution chimique est, avant tout, affaire de réactions chimiques et de processus d’auto-organisation. Les objectifs de recherche sont d’explorer notamment les questions suivantes : Sous quelles conditions peut-on légitimement transposer un processus d’évolution biologique darwinienne à des entités chimiques? Quelles modalités plus particulières de l’évolution darwinienne fait-il sens d’envisager dans un monde chimique? À quoi ressembleraient des systèmes chimiques paradigmatiquement darwiniens? Comment identifier la présence d’un processus darwinien au niveau chimique, aussi bien en laboratoire que dans des traces fossiles datant de la Terre primitive? Des systèmes chimiques seraient-ils susceptibles d’évoluer selon des processus qui ne seraient que marginalement darwiniens, voire aucunement darwiniens? La recherche menée contribue à:

  • Une cartographie des différentes modalités de l’évolution darwinienne susceptibles de jouer un rôle dans un monde chimique en transition vers le vivant
  • Une analyse de processus évolutifs non-darwiniens tout également plausibles dans un scenario d’origine de la vie, et susceptibles d’agir de concert ou en alternance avec des processus darwiniens
  • L’identification de systèmes chimiques prébiotiquement plausibles et la mise en évidence de leurs modalités d’évolution, darwinienne ou non
  • Un examen du pouvoir explicatif de l’évolution darwinienne dans le contexte des origines de la vie

Des thématiques complémentaires ont aussi été explorées, notamment:

  • La question de la définition du vivant, en défendant une conception gradualiste multidimensionnelle de « lifeness »
  • L’articulation de la notion d’arbre du vivant avec celle de l’origine de la vie, notamment en explorant les racines de l’arbre du vivant
  • La question du caractère émergent—ou au contraire explicable de manière réductive—du vivant

Après avoir reçu un financement du programme des chaires stratégiques de l’UQAM pour la période 2015-2016, le projet est maintenant financé par le programme des chaires de recherche du Canada (2016-2020) et par une subvention du Conseil de la Recherche en Sciences Humaines du Canada « Programme Développement-Savoirs » (2018-2021).

Axe 2. Philosophie et humanités numériques

Cet axe a pour objectif de mener des recherches en philosophie des sciences et en histoire de la philosophie des sciences à l’aide de méthodologies de fouille de texte (notamment topic-modeling, analyse conceptuelle, analyse de réseaux, argument-mining). Plusieurs projets sont en cours:

  • Une caractérisation du champ scientifique de la recherche sur les origines de la vie, notamment par le biais d’analyses de topic-modeling des principales revues du domaine (Origins of Life and Evolution of Biosphere, Astrobiology et Life).
  • Des analyses conceptuelles appliquées aux notions « d’évolution chimique » et de « plausibilité scientifique » (qui semble jouer un rôle épistémique significatif dans le domaine de recherche de l’astrobiologie, mais aussi, de manière croissante, dans de nombreux autres domaines en science)
  • Des analyses conceptuelles sur les notions « d’explication », de « modèle », de « simulation », de « causalité » et de « compréhension » en biologie (notamment sur le corpus de BioMed).
  • Des études qui relèvent du champ de l’histoire de la philosophie des sciences, notamment une cartographie des thématiques de recherche en philosophie des sciences des années 1930 à aujourd’hui (sur la base des corpus plein textes de Philosophy of Science, British Journal of Philosophy of Science, Synthese, Erkenntnis, Studies in History and Philosophy of Science, International Studies in Philosophy of Science , Journal for General Philosophy of Science, European Journal of Philosophy of Science) ainsi que des analyses de réseaux d’auteurs sur la base des contenus thématiques de leurs publications.

Parmi les études réalisées:

  • Une fresque historique de plus de 80 années de philosophie des sciences à l’aide d’une analyse textuelle algorithmique du contenu plein texte de 8 principales revues de philosophie des sciences (voir la page du projet).
  • Une analyse thématique de trente années de la revue Biology and Philosophy qui révèle les grandes tendances de la recherche en philosophie de la biologie depuis le milieu des années 1980 (voir la page du projet).
  • Une caractérisation du contenu sémantique de la revue Philosophy of Science à l’aide de règles associatives de thèmes (voir la page du projet).

Projet financé par une subvention des Fonds Canadiens pour l’Innovation (FCI) (2019-2021). En collaboration avec le Bureau des Initiatives Numériques du CIRST.

Autres intérêts et projets de recherche

Explication, complexité, opacité épistémique. Un premier volet de recherche concerne l’explication scientifique dans les sciences biologiques. L’objectif est d’analyser les limites du modèle mécanique de l’explication lorsque ce dernier est appliqué aux systèmes biologiques complexes (e.g. en biologie moléculaire, en écologie ou en biologie du comportement). Un second volet concerne l’opacité des épistémiques des modèles issus de l’intelligence artificielle (e.g. apprentissage machine). L’objectif est notamment d’analyser la question de l’explainability de tels modèles, tout particulièrement lorsqu’ils sont utilisés en science, non seulement en tant qu’outils de découverte, mais aussi, et surtout, en tant que nouvelles formalisations théoriques. En collaboration avec HumanIA. Parmi les réalisations:

Épistémologie des concepts de biodiversité. En collaboration avec Frédéric Bouchard (Université de Montréal), le projet à cherché à questionner la notion de « biodiversité », notamment en écologie fonctionnelle, en mobilisant les travaux philosophiques sur la notion de « fonction ». Ce projet a été financé par une subvention de recherche du Conseil de la Recherche en Sciences Humaines du Canada « Programme Savoirs » (2014-2018).